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Ribosome & polysome profiling送樣指南

2023-10-13 10:20 admin

收樣前請(qǐng)注意


注意事項(xiàng)


1/放線菌酮:處理細(xì)胞的胰酶與PBS中盡量也加放線菌酮。

2/建議用尖底的凍存管,便于離心收集沉淀。

3/建議液氮速凍時(shí)間5min以上,再轉(zhuǎn)移到-80冰箱。 

4/為確保實(shí)驗(yàn)的順利,強(qiáng)烈建議同一樣品準(zhǔn)備2,部分樣品降解時(shí),還需重新取材、制備或送樣,耽誤寶貴時(shí)間。

5/收樣的細(xì)胞,如無(wú)特殊要求,需保證細(xì)胞處于指數(shù)生長(zhǎng)期,細(xì)胞不能長(zhǎng)的太滿。接觸抑制會(huì)嚴(yán)重影響細(xì)胞的翻譯狀態(tài)!

6/收樣過(guò)程動(dòng)作盡量輕柔且快速,避免樣品反復(fù)凍融。

7/其余樣品類型收樣詳情可聯(lián)系工作人員。


01生物學(xué)重復(fù)

取樣過(guò)程中,為了減少人為造成的樣品間差異,可以采取如下措施:取樣時(shí)間、部位、處理?xiàng)l件、操作過(guò)程等方面盡可能保持一致,否則會(huì)影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可重復(fù)性和可信度。


02樣品的保存


取樣后,在簡(jiǎn)單處理并標(biāo)記后,-80冰箱保存,以避免實(shí)驗(yàn)操作前樣品降解的可能性。


送樣指南



01貼壁細(xì)胞收樣(>1X107


1)從培養(yǎng)箱中取出貼壁細(xì)胞,顯微鏡下觀察細(xì)胞,確定生長(zhǎng)狀態(tài)良好。

2待細(xì)胞密度達(dá)70%~80%,加入放線菌酮(CHX, 濃度為100μg/mL))到培養(yǎng)基阻滯翻譯, 37培養(yǎng)細(xì)胞15分鐘

3胰酶(0.25%)消化后,收細(xì)胞同常規(guī)操作。最后加入預(yù)冷的PBS (0.01M,含100μg/mL CHX)洗三遍后,轉(zhuǎn)至凍存管后離心去上清,置于液氮中速凍 后放于-80℃保存?zhèn)溆谩?/span>


02懸浮細(xì)胞(>1X107

1從培養(yǎng)箱中取出懸浮細(xì)胞,顯微鏡下觀察細(xì)胞,確定生長(zhǎng)狀態(tài)良好。
2
待細(xì)胞密度達(dá)70%~80%,加入放線菌酮(CHX, 濃度為100μg /mL))到培養(yǎng)基阻滯翻譯, 37培養(yǎng)細(xì)胞15分鐘。
3)離心收集細(xì)胞后,加入預(yù)冷的PBS (0.01M,含100μg/mL CHX)洗三遍后,轉(zhuǎn)至凍存管后離心去上清,置于液氮中速凍后放于-80℃保存?zhèn)溆谩?/span>


03血液樣本


外周血中,外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMC)在機(jī)體免疫中發(fā)揮了極其重要的作用。將血液中多核細(xì)胞和紅細(xì)胞去除后,可分離出PBMC,從而能夠方便地模擬體外的血液免疫環(huán)境。PBMC的體積、形態(tài)和比重與外周血其他細(xì)胞不同,其比重為1.070左右,而紅細(xì)胞和多核白細(xì)胞的比重超過(guò)1.080。通過(guò)利用介于兩者比重之間的溶液(分層液或密度梯度分離液)做密度梯度離心,使一定密度的細(xì)胞按相應(yīng)密度梯度分布,可將各種血細(xì)胞與PBMC分離。具體操作如下:

1. 使用EDTA抗凝管(BD,0202992058)采集6 mL外周血。

2.將新鮮血液轉(zhuǎn)移到15mL離心管中,室溫2000rpm離心10min。

3. 1mL移液器小心將上層血清吸出。

4. 將上述已去血清后的血液用生理鹽水按照1:1(體積比)進(jìn)行稀釋,輕輕吹打3-5次混勻。

5. Ficoll試劑充分震蕩,上下顛倒5-10次混勻,分裝到15ml離心管中(Ficoll溶液與稀釋后的血液體積比為3:4),豎直放置到水平臺(tái)面上靜止備用。

6. 將稀釋好的血液用移液管緩慢均勻加入到豎直放置在臺(tái)面的含Ficoll溶液的離心管中。(Ficoll溶液與稀釋后的血液體積比為3:4

7. 將離心管小心緩慢轉(zhuǎn)移至離心機(jī)中,盡量減少晃動(dòng),保持離心管豎直,以避免打破液面分層。室溫400×g,升降速為1,離心30分鐘。

8. 離心結(jié)束后分4層,由下到上分別為紅細(xì)胞、Ficoll溶液、淋巴細(xì)胞層、生理鹽水。

9. 用移液槍吸取一部分生理鹽水,將槍頭插進(jìn)淋巴細(xì)胞層中小心吸取,轉(zhuǎn)移至新的15mL離心管中。盡量避免吸取到下層或上層的細(xì)胞造成污染。

10. 加入10mL生理鹽水至上述轉(zhuǎn)移出來(lái)的淋巴細(xì)胞中,輕輕吹打混勻,室溫100×g,離心10min 。

11. 棄上清,加入1mL紅細(xì)胞裂解液,裂解3min。室溫300×g,離心5min

12.棄上清,加入10mL生理鹽水輕輕吹打混勻,室溫100×g,8min離心。重復(fù)2次。

13. 棄上清,用1640完全培養(yǎng)基重懸細(xì)胞,加入放線菌酮(CHX, 終濃度為100μg/mL))到培養(yǎng)基阻滯翻譯, 37℃培養(yǎng)細(xì)胞15分鐘。

14. 同時(shí)取樣進(jìn)行臺(tái)盼藍(lán)染色,看細(xì)胞活率、細(xì)胞濃度。

15. 離心收集細(xì)胞后,加入預(yù)冷的PBS (0.01M,含100μg/mL CHX)洗三遍后,轉(zhuǎn)至凍存管后離心去上清,置于液氮中速凍后放于-80℃保存?zhèn)溆谩?/span>


04動(dòng)物組織樣品(>100mg)


斑馬魚(yú)胚胎

(1)當(dāng)胚胎處于適當(dāng)?shù)碾A段,去除絨毛膜(或手動(dòng)或按標(biāo)準(zhǔn)方案使用pronase)

(2)室溫E3培養(yǎng)基清洗2次。

(3)E3培養(yǎng)基中加入放線菌酮(100μg/mL),室溫下孵育胚胎5分鐘。

(4)移液器將胚胎轉(zhuǎn)移到冰上的epppendorf試管中

(5)在液氮中快速冷凍,在-80℃保存。

(6)填寫(xiě)樣本登記單,寫(xiě)明樣本名稱、組織類型、編號(hào)、取樣日期、樣本處理過(guò)程等情況。


哺乳動(dòng)物組織

注意:翻譯是高度動(dòng)態(tài)變化的,對(duì)內(nèi)部和外部信號(hào)都有快速的反應(yīng)。為了準(zhǔn)確測(cè)量整個(gè)組織的體內(nèi)翻譯情況,必須盡快切除并快速冷凍相關(guān)組織,最大限度地減少了核糖體從轉(zhuǎn)錄本上脫落而引起的翻譯變化。

1)準(zhǔn)備必要的手術(shù)工具,確保操作環(huán)境無(wú)RNase,備好液氮。

2)按照實(shí)驗(yàn)室的標(biāo)準(zhǔn)程序,迅速處死動(dòng)物并摘取目的組織。

3)用高壓滅菌后的無(wú)RNase PBS清洗組織,去除多余的結(jié)締組織血液。

4)在液氮中快速冷凍組織,冷凍后碾磨成粉末轉(zhuǎn)移凍存管。

5-80度保存,干冰運(yùn)輸。


05植物組織(>100mg)

(1)準(zhǔn)確取得所需組織后,預(yù)冷的PBS沖洗干凈,立即用準(zhǔn)備好的鋁箔包裹組織。
2)立即投入液氮冷凍,冷凍后碾磨成粉末轉(zhuǎn)移凍存管,-80度保存,干冰運(yùn)輸。



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